近年来，各地大力调整种植结构，大棚、露地及室内食用菌栽培面积不断扩大，但在食用菌病虫害防治中还存在许多问题，现简述如下，并提出针对性的措施。
1.对病虫害缺乏了解
食用菌病虫害种类较多，尤其是在大棚、室外露地、高温高湿环境下种类更多。菇农对常见病虫害的生活史、危害特点了解不多，因而造成防治难以有效。
2.重病不重虫，重治不重防
因为虫害识别及防治难度明显高于杂菌病害，且防效往往不直观，多数菇农重病轻虫，即使重视虫害，也多重治轻防。但虫害一旦发生再进行防治，其效果就很差。孰不知许多杂菌病害都是虫害带入的，应着重预防，在杂菌病害与虫害未发生或发生初期防治，才能收到良好效果。
3.重化防，轻农防
多数病虫害用化防效果较差，并且花费人力、物力、财力较大。采取农业措施，加强栽培管理，制造不利于病虫害发生的生态条件，才能最大限度地避免或降低病虫害发生程度，收到事半功倍的效果。可采取的主要栽培措施有：选用抗杂力强、耐病虫品种，选择适宜播期进行合理地轮作、间作、套作、制种、配料，清除菇场内外废物垃圾、病虫害菌料、病虫害子实体及菇脚残菇片等集中烧毁或深埋。
4.对生物防治认识不足
生物防治可以取代部分化学农药，不污染食用菌与环境，是发展绿色食用菌的有效途径。然而，菇农普遍对其重要性认识不足，生物杀虫剂、杀菌剂的用量只占农药总量的１０％～２０％，当前比较成熟的生物技术及农药品种有：
①利用致病性微生物防虫，发现本地食用菌害虫因得病而死的僵尸虫体，可以从死虫体中分离原菌，通过培养繁殖后作为生物农药使用，效果较好。 ②用阿维菌素、阿巴丁、天霸等防治菇蚊、蝇、螨、蜱、线虫等双翅目与鳞翅目幼虫，但无杀卵作用。
③菇哈哈复配食用菌专用剂，对菇蚊、蝇、螨类、线虫、蜱类、跳虫、蓟马等９个目害虫均有特效。
④农抗１２０防治青霉、根霉，农用链霉素防治细菌性病害。
⑤菇卫士：主要对竞争性杂菌，如链孢霉、绿霉、黑霉、青霉、根霉、毛霉、石膏霉、红霉、酵母、细菌等有极强杀灭作用；对寄生性真菌病害（疣孢霉病、干泡病、软腐病、霜霉病、根腐病、流耳、烂耳）、细菌性病害（褐斑病、黄菇病、菌褶滴水病）以及病毒性病害（立枯病、顶枯病）均有特效。
